El rodaje del biopic ha tenido numerosas dificultades y se ha detenido en varias ocasiones debido a la ausencia del director. Las «desapariciones» de Singer comenzaron a preocupar al estudio ya que no hacían más que retrasar el rodaje. La Fox ya anunció el 1 de diciembre que el rodaje, que se desarrollaba en Londres, se había suspendido temporalmente debido «a la indisposición inesperada» de Singer.
Finalmente, el estudio 20th Century Fox declaró en los medios: «Bryan Singer ya no es el director de Bohemian Rhapsody”. El director se defendió de las acusaciones de la productora alegando que su salud y la de su familia se encontraban en peligro y que eso justificaba sus ausencias. Pero no fue suficiente para el estudio, que terminó por despedirle. Singer, además, ha despejado los rumores de que su partida estuviese relacionada con las diferencias creativas que pudiese haber tenido con Rami Malek, el protagonista.
El filme gira en torno a los últimos años de la vida del vocalista de Queen, Freddie Mercury. Bohemian Rhapsody se presenta como una película biográfica que narra los acontecimientos más importantes que sucedieron a este legendario grupo británico de música desde su creación, en 1970, hasta su actuación en el Live Aid en 1985, seis años antes de la muerte de Mercury.
En 2013 se barajó de nuevo el proyecto. En esta ocasión se propuso a Ben Whishaw (El perfume, La chica danesa…) para interpretar a Mercury y Dexter Fletcher (Amanece en Edimburgo, Wild Bill…) sería el director. No obstante, en marzo de 2014 Fletcher abandonó la propuesta por no llegar a un acuerdo sobre la clasificación del filme.
No sería hasta finales de 2015 cuando se comenzó a desarrollar un nuevo proyecto. En este caso, respaldado por Fox, protagonizado por Rami Malek (Mr. Robot) y dirigido por Bryan Singer (Sospechosos Habituales, X-Men…). En un comunicado, 20th Century Fox ha declarado que el nuevo director del filme será Dexter Fletcher y que estará oficialmente al mando de la película la semana que viene.